John Hagee escribió en una carta de 1975 a su congregación que era culpable de inmoralidad, tras lo cual se divorció de su esposa Martha Downing. Se desconoce la inmoralidad exacta. Se casó con Diana Castro, miembro de su congregación, el 12 de abril de 1976. El nuevo matrimonio inmediatamente después de su divorcio dio lugar a acusaciones de que tuvo una aventura durante su matrimonio.
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Hagee se casó con Downing en 1960 y la pareja tuvo dos hijos juntos. Hagee era pastor de Trinity Church en San Antonio, pero las críticas por su divorcio le hicieron dimitir.
Hagee tiene tres hijos con Castro llamados Matthew Christina y Sandy. Hagee y sus hijos con Castro también son músicos que actuaron juntos como The Hagees.
El 11 de mayo de 1975, Hagee inició una nueva iglesia llamada The Church at Castle Hills. Aunque al principio solo tenía 25 miembros, rápidamente creció en tamaño, lo que llevó a dos expansiones. El primero era un santuario con 1600 asientos y el segundo era un santuario con 5000 asientos. Hagee nombró al segundo santuario Iglesia Cornerstone. Posteriormente, su hijo Matthew asumió el cargo de pastor ejecutivo de la iglesia.
Hagee ha escrito libros y numerosas estaciones de televisión religiosas transmiten sus sermones. También ha fundado organizaciones religiosas.
