El bagre tiene una amplia variedad de depredadores, incluidas serpientes, mapaches, visones, nutrias, aves zancudas, caimanes, cocodrilos, grandes lagartos, humanos y otros peces. Como ocurre con la mayoría de las especies, el bagre tiene más depredadores cuando es joven que cuando alcanza la madurez. Algunos bagres grandes y viejos pueden superar efectivamente a todos sus depredadores, excepto a los humanos.
Los peces depredadores como la lobina negra, la perca, la lucio, la lubina rayada y el lucio, frecuentemente comen bagres jóvenes. Además, los bagres más grandes son uno de los depredadores más importantes de los bagres jóvenes. Los animales terrestres suelen cazar bagres en aguas poco profundas. Los caimanes y las bocas de algodón se reúnen con frecuencia en los pozos de agua que se están secando para consumir los bagres que han quedado varados. Las serpientes de agua pardas, una especie no venenosa del sur de los Estados Unidos, subsisten principalmente a base de bagre. Estas serpientes agarrarán ramas con sus colas mientras sumergen sus cabezas bajo el agua hasta que puedan atrapar un pequeño bagre. Muchas otras serpientes de agua consumen bagre cuando se presenta la oportunidad.
Debido a que son devorados por tantos depredadores, muchos bagres han desarrollado púas u otras características para protegerse. Muchos tienen espinas que administran veneno a cualquier posible depredador. Algunos bagres incluso han desarrollado la capacidad de aplicar una fuerte descarga eléctrica a cualquier animal que los toque.
