Los obstáculos intermedios son factores que causan desafíos a los animales migratorios o les impiden alcanzar su objetivo. Ejemplos de obstáculos que intervienen incluyen montañas, bosques, desiertos, ciudades y cuerpos de agua. Algunas de estas barreras bloquean la migración de algunas especies, mientras que no frenan en absoluto la migración de otras. Por ejemplo, un gran desierto puede impedir que los anfibios o los insectos completen su migración mientras los pájaros vuelan sobre él.
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Las aves son algunos de los migrantes más conocidos y son especialmente hábiles en la práctica. Debido a que la mayoría de las aves vuelan tan bien, pueden simplemente superar la mayoría de los obstáculos que se interponen. Sin embargo, no todas las aves pueden cruzar grandes océanos y muchas se limitan a lugares a los que se puede acceder por tierra. Las montañas también pueden constituir barreras importantes para las aves que no pueden volar sobre ellas. Las ciudades desérticas y los ríos son barreras importantes para las migraciones de mamíferos y, a menudo, los mamíferos deben viajar mucho más lejos para sortear esos obstáculos.
Los seres humanos también pueden encontrar obstáculos durante los viajes migratorios. Los desiertos y las montañas son particularmente difíciles de atravesar para los humanos, mientras que los bosques y las ciudades son fáciles de cruzar. Con el tiempo, los humanos a menudo construyeron asentamientos cerca de lugares tan desafiantes como última parada en la que los viajeros podían reabastecerse y descansar antes de afrontar viajes difíciles.